Geschillen tussen vennoten kunnen uiteenlopende kwesties betreffen. Zij kunnen verband houden met de invulling van het ondernemen, de koers die wordt uitgezet voor het beroep of bedrijf. Hieronder kunnen ook beslissingen over het personeelsbeleid en de aankoop, vervreemding en vervanging van bedrijfsmiddelen worden begrepen. De vennoten kunnen ook van mening verschillen over hun onderlinge rechtsverhouding(en), bijvoorbeeld over de inhoud van de vennootschapsovereenkomst en de daarin opgenomen afspraken. In alle bedoelde gevallen kan een geschil uitmonden in een procedure voor de burgerlijke rechter. Doorgaans bevat een vennootschapsovereenkomst echter voorzieningen waarmee de onmiddellijke gang naar deze rechter kan worden vermeden.

Voor de eerstbedoelde kwesties (de bedrijfsvoering) ligt het voor de hand om in de vennootschapsovereenkomst regelingen te treffen op het niveau van de besluitvorming. Men kan daarbij denken aan stemregelingen over beleidsaangelegenheden, zoals bijvoorbeeld besluitvorming met een volstrekte of gekwalificeerde meerderheid in een vergadering van de gezamenlijke vennoten.
Voor de laatstbedoelde kwesties (die de onderlinge rechtsverhouding tussen de vennoten betreffen) zou een geschillenregeling in de vennootschapsovereenkomst opgenomen kunnen worden. Hierdoor kan worden voorkomen dat de vennoten voor de beslechting van hun geschil naar de burgerlijke rechter moeten uitwijken. Een geschillenregeling leidt over het algemeen sneller tot een oordeel, waarbij men verder kan bedenken dat arbiters met het oog op hun specifieke deskundigheid kunnen worden aangewezen, (rechterlijke) competentievraagstukken worden vermeden en de beslissing in beginsel niet openbaar zal zijn. Een geschillenregeling biedt mogelijk soelaas voor concrete kwesties. Bij voortdurende meningsverschillen dient evenwel ontbinding van de vennootschap te worden overwogen.

Een geschillenregeling kan voorzien in een bindend advies of in een arbitrageprocedure. Ondanks de overeenkomsten tussen deze beide voorzieningen, zijn er wezenlijke verschillen die mede van belang kunnen zijn voor de keuze tussen beide in een vennootschapsovereenkomst. Het verdient dan ook aanbeveling om in deze overeenkomst expliciet te bepalen welke regeling van toepassing is, waarbij een regeling overigens zou kunnen worden gecombineerd met een voorafgaande onderhandeling (negotiation) of mediation. Het toepassingsgebied van beide hiervoor bedoelde regelingen komt echter wel overeen.

Een bindend adviesregeling is gebaseerd op titel 7.15 BW (Vaststellingsovereenkomst). Op grond van art. 7:900 leden 1 en 2 kan de vaststelling ter beëindiging of ter voorkoming van onzekerheid of geschil omtrent hetgeen rechtens tussen de vennoten geldt aan een derde worden opgedragen. Art. 7:900 lid 4 bepaalt dat titel 7.15 BW niet van toepassing is op de overeenkomst van arbitrage, waarmee de wetgever een strikt onderscheid tussen de beide beslechtingsregelingen maakt. De bindend adviesovereenkomst kan deel uitmaken van een vennootschapsovereenkomst maar ook los daarvan tussen de vennoten tot stand worden gebracht.
De arbitrageregeling is door de wetgever neergelegd in art. 1020 Rv.

Bij vergelijking van de beide regelingen blijkt dat de arbitrageregeling is onderworpen aan een formele procedure, die (voor het geval daarvan gebruik wordt gemaakt) in de praktijk door arbitrage-instituten kan worden aangevuld met een reglement. Procedureregels zijn bij een bindend advies slechts van toepassing indien en voor zover deze overeengekomen zijn. Op grond van art. 7:904 lid 1 gelden voor een bindend advies wel de basale beginselen van behoorlijk procesrecht, zoals de onafhankelijkheid en onpartijdigheid van de bindend adviseur, hoor en wederhoor en een behoorlijke motivering van de beslissing.

Vanwege het ontbreken van procedurele formaliteiten verloopt een bindend adviesprocedure vrijer waardoor er wellicht meer rekening kan worden gehouden met de aard van het geschil en de relevante feiten en omstandigheden. Het ontbreken van formaliteiten kan ook de snelheid van de procedure ten goede komen. In het algemeen wordt wel aangenomen dat bindend advies als informele procedure in beginsel de voorkeur verdient in geschillen tussen partijen die in een duurzame relatie tot elkaar staan, zoals een personenvennootschap. Met de formele(re) arbitrage worden de persoonlijke verhoudingen tussen de vennoten wellicht gefrustreerd, als gevolg waarvan het voortduren van de samenwerking onmogelijk wordt. Als deze verhoudingen echter reeds danig verstoord zijn, biedt arbitrage wellicht een betere uitkomst dan een bindend advies.
Verder is van belang dat bij arbitrage wel en bij bindend advies niet op eenvoudige wijze een executoriale titel bij de voorzieningenrechter kan worden verkregen (art. 1062 Rv). Vanzelfsprekend is dit verschil slechts van belang indien er op grond van de geschillenregeling een te executeren prestatie wordt verkregen, en daarvan zal bij geschillen tussen vennoten tijdens het bestaan van de vennootschap niet vaak sprake zijn.
Mocht overigens na de overeengekomen geschillenbeslechting de burgerlijke rechter worden geädieerd, hetgeen niet bij overeenkomst kan worden uitgesloten, dan toetst deze de tot stand gekomen beslissing marginaal rekening houdend met art. 7:904 voor het bindend advies en art. 1065 Rv voor een arbitragebeslissing.